Από τα βάθη των αιώνων κρατά τις ρίζες της η αγιορείτικη φαρμακευτική, η οποία βασίζεται στα μυστικά των βοτάνων που αφθονούν στο φυσικό περιβάλλον της περιοχής. Βότανα, ελιξήρια, αποστάγματα, σπάνια και εκλεκτά φυτικά προϊόντα που προέρχονται από τον ευλογημένο τόπο του Αγίου Όρους, που μετρά μια εντυπωσιακή συλλογή 1.453 φυτών.
Πριν τον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο, έκλεισε το τελευταίο φαρμακείο, το οποίο προσέφερε τις υπηρεσίες του από το 1897 με σιγίλλιο του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Η αγιορείτικη φαρμακευτική πέρασε από γενιά σε γενιά, μέσω της προφορικής παράδοσης των σοφών Γερόντων, αλλά και μέσω των γραπτών μαρτυριών και πηγών, που διαθέτουν οι βιβλιοθήκες των Ιερών Μονών. Οι συνταγές των προϊόντων κληροδοτήθηκαν από σπουδαίους βοτανολόγους ιατρούς μοναχούς (αναφέρονται ενδεικτικά οι Κλήμης Γυμνάσιος, Αγάπιος, Θεόφιλος) και έχουν δημιουργηθεί για να προσφέρουν στον ανθρώπινο οργανισμό αυτά που του στερούν η σύγχρονη καθημερινότητα, το άγχος και η κακή διατροφή.
Το Φαρμακείο του Αγίου Όρους διαθέτει πραγματικά θεία δώρα για την υγεία και την ευεξία, που έχουν φτιαχτεί με άριστες ποικιλίες ιαματικών προϊόντων, όπως: Βότανα για τη μνήμη, το άγχος, τις αϋπνίες ή τον βήχα και άλλες παθήσεις, Ελιξήρια για παθήσεις του σακχάρου, του ουρικού οξέος, της πίεσης ή της καρδιάς, κ.ά., Βάμματα για ουλίτιδα, στοματικά έλκη, κ.ά, Ιαματικά έλαια για αλλεργίες, χολή, κ.ά., Προϊόντα μέλισσας (Γύρη, Προπόλη, Βασιλικό Πολτό, Λικέρ, Τσάι, Χειροποίητα σαπούνια).